The conference will be held in Beijing, the political and cultural capital of China. It is also a center of international activity. You are welcome to participate in our conference and visit Beijing.
]]> 技术交流 fangxinyu 2008/07/15 08:48am http://forum.co-fly.net/cgi-bin/topic.cgi?forum=4&topic=31&show=0 http://forum.co-fly.net/cgi-bin/post.cgi?action=reply&forum=4&topic=31 ===================================================================
     Journal of Biomedical Science and Engineering (JBiSE)
CALL FOR PAPERS
http://www.srpublishing.org/scirp/Journal/Home.aspx?JournalID=30
ISSN 1937-6871 (Print), 1937-688X (Online)
===================================================================

 JBISE is an international refereed journal dedicated to the latest
advancement of biomedical sciences and engineering. The goal of this
journal is to keep a record of the   state-of-the-art   research and
promote the research work in these fast moving areas.              

 You are invited to submit papers presenting a high-quality original
research related to biomedical sciences and engineering.            
For more information about this journal,please visit  
http://www.srpublishing.org/scirp/Journal/Home.aspx?JournalID=30
or contact jbise@srpulishing.org for any questions.

*** DO NOT REPLY TO THIS EMAIL ***
>> This E-Mail is a system generate message. <<
JBiSE Editorial Board
]]> 技术交流 fangxinyu 2008/07/15 08:46am http://forum.co-fly.net/cgi-bin/topic.cgi?forum=1&topic=9&show=0 http://forum.co-fly.net/cgi-bin/post.cgi?action=reply&forum=1&topic=9
===================================================================
     Journal of Biomedical Science and Engineering (JBiSE)
CALL FOR PAPERS
http://www.srpublishing.org/scirp/Journal/Home.aspx?JournalID=30
ISSN 1937-6871 (Print), 1937-688X (Online)
===================================================================

 JBISE is an international refereed journal dedicated to the latest
advancement of biomedical sciences and engineering. The goal of this
journal is to keep a record of the   state-of-the-art   research and
promote the research work in these fast moving areas.              

 You are invited to submit papers presenting a high-quality original
research related to biomedical sciences and engineering.            
For more information about this journal,please visit  
http://www.srpublishing.org/scirp/Journal/Home.aspx?JournalID=30
or contact jbise@srpulishing.org for any questions.

*** DO NOT REPLY TO THIS EMAIL ***
>> This E-Mail is a system generate message. <<
JBiSE Editorial ...]]> 技术咨询 starrcofly 2008/01/11 11:21pm http://forum.co-fly.net/cgi-bin/topic.cgi?forum=4&topic=30&show=0 http://forum.co-fly.net/cgi-bin/post.cgi?action=reply&forum=4&topic=30


   遗传算法（Genetic Algorithm）是一类借鉴生物界的进化规律（适者生存，优胜劣汰遗传机制）演化而来的随机化搜索方法。它是由美国的J.Holland教授1975年首先提出，其主要特点是直接对结构对象进行操作，不存在求导和函数连续性的限定；具有内在的隐并行性和更好的全局寻优能力；采用概率化的寻优方法，能自动获取和指导优化的搜索空间，自适应地调整搜索方向，不需要确定的规则。遗传算法的这些性质，已被人们广泛地应用于组合优化、机器学习、信号处理、自适应控制和人工生命等领域。它是现代有关智能计算中的关键技术之一。[科研中国http://www.SciEI.com]
[相关列表]http://www.SciEI.com/Article/Com/computer/Index.html  


1.遗传算法与自然选择

达尔文的自然选择学说是一种被人们广泛接受的生物进化学说。这种学说认为，生物要生存下去，就必须进行生存斗争。生存斗争包括种内斗争、种间斗争以及生物跟无机环境之间的斗争三个方面。在生存斗争中，具有有利变异的个体容易存活下来，并且有更多的机会将有利变异传给后代；具有不利变异的个体就容易被淘汰，产生后代的机会也少的多。因此，凡是在生存斗争中获胜的个体都是对环境适应性比较强的。达尔文把这种在生存斗争中适者生存，不适者淘汰的过程叫做自然选择。它表明，遗传和变异是决定生物进化的内在因素。自然界中的多种生物之所以能够适应环境而得以生存进化，是和遗传和变异生命现象分不开的。正是生物的这种遗传特性，使生物界的物种能够保持相对的稳定；而生物的变异特性，使生物个体产生新的性状，以致于形成新的物种，推动了生物的进化和发展。

遗传算法是模拟达尔文的遗传选择和自然淘汰的生物进化过程的计算模型。它的思想源于生物遗传学　...]]> 技术交流 lutong121 2008/01/09 02:03pm http://forum.co-fly.net/cgi-bin/topic.cgi?forum=4&topic=29&show=0 http://forum.co-fly.net/cgi-bin/post.cgi?action=reply&forum=4&topic=29 LW|Xu}
心理现象实质是电磁现象V#
©与翔科飞生物信息学服务网站论坛 -- 与翔科飞生物信息学服务网站论坛　　Gh
鹿通©与翔科飞生物信息学服务网站论坛 -- 与翔科飞生物信息学服务网站论坛　　'Tk#A
（天津大学北洋科技开发有限公司办公设备服务中心，天津 300073）RW|E<#
©与翔科飞生物信息学服务网站论坛 -- 与翔科飞生物信息学服务网站论坛　　@
摘  要  心理现象与我们每个人都息息相关，探究心理活动的实质，以为人的实践活动服务。事物具有的变化反映特征，便是信息产生的最主要的物质基础。传递物体的信息是电磁辐射，物与物之间的电磁辐射传播依赖于物质间的相互作用。我们把事物看作是一个物质与物质电磁辐射交换过程，心理活动反应过程，包括感觉器官接受外部信息，肌肉和腺体做出应答反应，以及介于二者之间的信息传导和整合活动，实质上就是机体内外进行电磁能交换达到相对平衡过程，人类的认识世界和改造世界的心理过程不断优化与完善，促进人类社会不断进步。Crdx]
关键词  心理现象，客观现实，信息，电磁辐射，电磁能交换。HNH=
©与翔科飞生物信息学服务网站论坛 -- 与翔科飞生物信息学服务网站论坛　　x1\
心理现象是我们日常生活常见的现象，人的任何活动中都有心理现象存在，它和我们每个人都息息相关。心理现象一方面指感觉、知觉、　...]]> 技术交流 starrcofly 2007/12/13 01:34pm http://forum.co-fly.net/cgi-bin/topic.cgi?forum=4&topic=27&show=0 http://forum.co-fly.net/cgi-bin/post.cgi?action=reply&forum=4&topic=27
速度快。
不浪费。虽然关盘介质已经很便宜，但是一般关盘刻录后使用几次就被丢弃，真的很浪费。
解决某些没有光盘的计算机安装的问题。
下面介绍一下如何不刻录光盘，实现Linux的硬盘安装。下面的实验使用的安装版本是Redhat Enterprise Linux 4 Update 4。其实使用Anaconda安装系统的分发版本都可以使用该方法。

前提要求

下载Redhat Linux分发版本的光盘映像（ISO文件）到本地硬盘。假设所有安装映像文件放到第一个逻辑分区（Linux下是sda5，Windows下是D盘）的RHEL目录下。在我的Linux系统上是：
# mount /dev/sda5 /mnt/win_D
# ls /mnt/win_D/RHEL
RHEL4-U4-i386-AS-disc1.iso  RHEL4-U4-i386-AS-disc3.iso  RHEL4-U4-i386-AS-disc5.iso
RHEL4-U4-i386-AS-disc2.iso  RHEL4-U4-i386-AS-disc4.iso
本机安装有Linux 或者Windows操作系统。如果是没有任何操作系统的裸机，至少要刻录一张光盘了。
下面分别介绍本机安装有Linux和Windos操作系统时的安装过程。

原有系统为Linux的安装

如果你的计算机上已经安装了某个版本的Linux，这时再安装一个Redhat Linux是很简单的：

在映像文件中将安装需要的文件拷贝出来：
# mkdir /mnt/loop
# mount -o loop /mnt/win_D/RHEL/RHEL4-U4-i386-AS-disc1.iso /mnt/loop
# cp /mnt/loop/isolinux/vmlinuz /mnt/loop/isolinux/initrd.img /boot
修改grub配置文件/boot/grub/grub.conf，增加如下项：

title install RHEL4
       root (hd0,11)
       kernel /boot/vmlinuz
       initrd /boot/initrd.img
注意：上面　...]]> 技术交流 starrcofly 2007/10/11 07:32pm http://forum.co-fly.net/cgi-bin/topic.cgi?forum=4&topic=26&show=0 http://forum.co-fly.net/cgi-bin/post.cgi?action=reply&forum=4&topic=26
作者：佚名 文章来源：本站原创 点击数： 更新时间：2007-3-28 20:01:19


在R中，有两个命令可以进行主成分分析，其中princomp()是沿袭了S-plus的算法，而R的开发者认为prcomp()是更加好的选择。使用princomp的时候，必须要求个案数量比变量数量多，而prcomp则没有这个限制。如果想更加深入了解这两个命令，可以使用如下命令进行。
>?prcomp
>?princomp
而如果想了解prcomp具体的算法，可以通过如下命令进行(了解princomp的算法的方法与此相似。)。
> methods(princomp)
[1] princomp.default* princomp.formula*
Non-visible functions are asterisked
> getS3method("prcomp","default")
注意，直接使用>prcomp.default不能看到源代码。
在R中，有一个数据叫做USArrests，可以使用?USArrests看这个数据框中的各变量的含义。如果想对这数据中所有的变量进行主成分分析，则：
>pc.cr<-princomp(USArrests))
>pc.cr
>summary(pc.cr)
这个分析中，并没有对数据进行标准化，因此结果会受到测量量纲的影响。结果不是很恰当。这里只是先给大家一个印象。

＃＃什么时候需要对数据进行标准化？
一般情况下，建议用标准化的数据进行主成分分析，以避免结果受到测量量纲的影响（也就是说，如果各变量的测量不具有可比性，那么最好作标准化处理。）。当然，如果认为各个变量的重要性不一样的时候，可以使用加权技术处理。在这种情况下，如果不标准化，则前面几个主成分可能只是反映了方差较大的变量的情况，而不是反应所有变量的情况。但是，如果是以下情况，可以不标准化：比如使用likert量表测量，各个问题都是0－10分，这种测量具有可比性，并且，如果一个　...]]> 技术交流 starrcofly 2007/10/10 04:10pm http://forum.co-fly.net/cgi-bin/topic.cgi?forum=4&topic=25&show=0 http://forum.co-fly.net/cgi-bin/post.cgi?action=reply&forum=4&topic=25 [这个贴子最后由starrcofly在 2007/10/10 04:11pm 第 1 次编辑]

from: http://www.gene365.com/html/biopic/20070328/1768.html

主成分分析 （ Principal Component Analysis ， PCA ） 是一种掌握事物主要矛盾的统计分析方法，它可以从多元事物中解析出主要影响因素，揭示事物的本质，简化复杂的问题。计算主成分的目的是将高维数据投影到较低维空间。给定 n 个变量的 m 个观察值，形成一个 n ′ m 的数据矩阵， n 通常比较大。对于一个由多个变量描述的复杂事物，人们难以认识，那么是否可以抓住事物主要方面进行重点分析呢？如果事物的主要方面刚好体现在几个主要变量上，我们只需要将这几个变量分离出来，进行详细分析。但是，在一般情况下，并不能直接找出这样的关键变量。这时我们可以用原有变量的线性组合来表示事物的主要方面， PCA 就是这样一种分析方法。
   PCA 的目标是寻找 r （ r<n ）个新变量，使它们反映事物的主要特征，压缩原有数据矩阵的规模。每个新变量是原有变量的线性组合，体现原有变量的综合效果，具有一定的实际含义。这 r 个新变量称为“主成分”，它们可以在很大程度上反映原来 n 个变量的影响，并且这些新变量是互不相关的，也是正交的。通过主成分分析，压缩数据空间，将多元数据的特征在低维空间里直观地表示出来。例如，将多个时间点、多个实验条件下的基因表达谱数据（ N 维）表示为 3 维空间中的一个点，即将数据的维数从  降到  。

   在进行基因表达数据分析时，一个重要问题是确定每个实验数据是否是独立的，如果每次实验数据之间不是独立的，则会影响基因表达数据分析结果的准确性。对于利 ...]]> 技术交流 starrcofly 2007/10/10 04:08pm http://forum.co-fly.net/cgi-bin/topic.cgi?forum=4&topic=24&show=0 http://forum.co-fly.net/cgi-bin/post.cgi?action=reply&forum=4&topic=24 [这个贴子最后由starrcofly在 2007/10/10 04:11pm 第 1 次编辑]

from: http://www.gene365.com/html/biopic/20070328/1769.html

在生物医学中，基于表达数据的肿瘤分型诊断是重要的应用领域。 1999 年， Golub 等人的研究证明了肿瘤亚型之间在基因表达上的差异，通过对一组特异基因的表达检测，可以进行临床诊断，并指导治疗方案的制定。随后，很多研究组开展了用 DNA 微阵列检测基因表达用于肿瘤诊断的研究，所涉及的肿瘤包括白血病、乳腺癌、肺癌、结肠癌等，有些工作已应用于临床实践。在这些研究中，根据表达数据对样本进行肿瘤亚型分类成为生物信息学的一项重要研究内容。
   分类是从训练数据中找出一组能够描述数据集合典型特征的模型（或函数），以便能够分类识别未知数据的归属或类别，即将未知事例映射到某种离散类别之一。对基于表达数据的肿瘤分类，就是根据已知肿瘤类型的样本数据来构建分类器，然后利用它对新的表达数据进行分类分析，确定肿瘤的类型。基于基因表达数据的肿瘤分型诊断的数据分析主要包括以下过程：

   ①肿瘤分型特异基因的选择。在 DNA 微阵列实验中，基因数目成千上万，但实际上影响样本分类的，往往只是很少一部分的关键基因，其它的基因往往是不相关的，是冗余的或显著性较小。过多的基因会导致噪声的增加，影响到分类效果。因此，需要选择对肿瘤分型有效的一组基因，这组基因的表达行为对于诊断肿瘤是特异性的，因此，这组基因也称为信息基因 (informative genes) 。要确定信息基因并非是件容易的事，常用的方法是前面所述的显著性分析，从不同肿瘤类型的样本中分析基因表达差异的显著性，挑选出显著　...]]> 技术交流 starrcofly 2007/10/08 08:49am http://forum.co-fly.net/cgi-bin/topic.cgi?forum=4&topic=23&show=0 http://forum.co-fly.net/cgi-bin/post.cgi?action=reply&forum=4&topic=23
作者:闫石 (iloveibm@163.com)
来自:http://www-900.ibm.com/developerWork...15/index.shtml

由于被广泛移植，无论是PC机的DOS和WINDOWS，还是RISC/6000的AIX，乃至于IBM的大型机S/390，都能见到VIM的身影。然而，对于初学者，VIM的用户界面与使用方法非常不符合常规，甚至认为它比较混乱，无所适从。事实上，VIM编辑器是专门为经验丰富的用户设计的，它的界面和使用方法提供了更快的速度和更强的功能。对于熟知它的用户，VIM的许多特性节省了时间和击键次数，并可以完成一些其他编辑器无法完成的功能。


学习的最好方法是实践，唯有如此，才能真正掌握其中的精髓。文中列举的实例，都是笔者在实际工作中遇到的，具有一定的代表性，请大家在阅读的过程中仔细体会。


好了，现在让我们共同畅游神奇的VIM的世界！


例一、两个常用的指令序列

xp 左右交换光标处两字符的位置。
ddp 上下交换光标处两行的位置。

例二、重复输入同一字符


有时，我们可能想多次输入同一字符，VIM的插入功能可以很好的完成这项工作


命令 80i=^ESC 一次可以输入80个字符= ,当然，80a=^ESC 也可以完成上述功能。


请注意：此处的^ESC表示键盘左上方上的ESC键。


例三、将两个文本数据文件按行逐条合并，并给出标尺


数据文件1内容如下：
1-----
2-----
3-----


数据文件2内容如下：
1=====
2=====
3=====


要求的结果如下：
|------- ...]]> 技术交流 starrcofly 2007/09/29 05:46pm http://forum.co-fly.net/cgi-bin/topic.cgi?forum=4&topic=22&show=0 http://forum.co-fly.net/cgi-bin/post.cgi?action=reply&forum=4&topic=22 为了简单，我就使用了Linux自带的vnc-server。
代码::
#uname -a
Linux server1.linux 2.4.21-4.ELsmp #1 SMP
#rpm -q vnc-server
vnc-server-4.0-0.beta4.1.1

你可以使用特定的帐号来运行你的vncserver命令。这样可以做到同时有多个用户登录图形终端。同时一个图形终端编号只能有一个用户登录。
代码::
#useradd demo
#passwd -d demo
#su demo
$vncserver
passwd: //如果这个帐号是第一次运行vncserver，则会要求你输入连接的密码。
verify:
New 'server1.linux:4 (demo)' desktop is server1.linux:4
Starting applications specified in /home/demo/.vnc/xstartup
Log file is /home/demo/.vnc/server1.linux:4.log

上面这段话表示起动了一个图形终端，编号为4,要记住这个编号，等下登录时需要提供这个编号。
如果你要停止这个进程，使用
代码::
$vncserver -kill :4

就可以了，后面的数字表示图形终端编号。
ok，这样，x-server已经起动了。
我们来测试一下。
找另外一台机器，如果是Linux的系统，那就比较方便，直接使用下面的命令
代码::
#vncviewer xx.xx.xx.xx:4 ;连接方式是ip地址:编号,这里的编号是4.

会弹出一个对话框，要求你输入密码，如果密码正确，这是就会出现图形终端了。
如果是windows的机器，那就下载一个vnc的软件吧。我用的是winVNC。
连接方式是一样的。
不过大家也看到了 ...]]> 技术交流 starrcofly 2007/09/27 11:07am http://forum.co-fly.net/cgi-bin/topic.cgi?forum=4&topic=21&show=0 http://forum.co-fly.net/cgi-bin/post.cgi?action=reply&forum=4&topic=21 [这个贴子最后由starrcofly在 2007/09/27 11:14am 第 1 次编辑]

http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/moac/currentstudents/peter_cock/r/geo/

Reading the NCBI's GEO microarray SOFT files in R/BioConductor
[c]
This page discusses how to load GEO SOFT format microarray data from the Gene Expression Omnibus database (GEO) (hosted by the NCBI) into R/BioConductor. SOFT stands for Simple Omnibus format in Text. There are actually four types of GEO SOFT file available:

GEO Platform (GPL)
These files describe a particular type of microarray. They are annotation files.

GEO Sample (GSM)
Files that contain all the data from the use of a single chip. For each gene there will be multiple scores including the main one, held in the value column.

GEO Series (GSE)
Lists of GSM files that together form a single experiment.

GEO Dataset (GDS)
These are curated files that hold a summarised combination of a GSE file and its GSM files. They contain normalised expression levels for each gene from each sample (i.e. just the value field from the GSM file).

As long as you just need the expression level then a GDS file will suffice. If you need to dig deeper into how the expression levels were calculated, you'll need to get all the GSM files instead (which are listed in the ...]]> 技术交流 starrcofly 2007/09/24 02:47pm http://forum.co-fly.net/cgi-bin/topic.cgi?forum=4&topic=20&show=0 http://forum.co-fly.net/cgi-bin/post.cgi?action=reply&forum=4&topic=20 解决方法:
下面所有的命令都要求在本机运行。我们建议在修改文件之前做备份。比如，在你编辑之前，用cp(copy)命令保存文件：

cp /etc/mail/sendmail.mc /etc/mail/sendmail.mc.bak

作为开始，运行命令：

service saslauthd status
service cyrus-imapd status
service sendmail status
为了设置cyrus，不修改/etc/imapd.conf，让它保持RPM包刚安装好之后的缺省配置。对/etc/cyrus.conf，除了下面的修改，其它也都保持缺省配置：

# UNIX sockets start with a slash and are put into /var/lib/imap/sockets
SERVICES {
# add or remove based on preferences
imap          cmd="imapd" listen="imap" prefork=5
#  imaps                cmd="imapd -s" listen="imaps" prefork=1
pop3          cmd="pop3d" listen="pop3" prefork=3
#  pop3s                cmd="pop3d -s" listen="pop3s" prefork=1
#  sieve                cmd="timsieved" listen="sieve" prefork=0

# these are only necessary if receiving/exporting usenet via NNTP
#  nntp         cmd="nntpd" listen="nntp" prefork=3
#  nntps         &nbs ...]]> 技术交流 starrcofly 2007/09/18 09:30am http://forum.co-fly.net/cgi-bin/topic.cgi?forum=4&topic=19&show=0 http://forum.co-fly.net/cgi-bin/post.cgi?action=reply&forum=4&topic=19

芯片分析能够检测不同条件下的基因转录变化，能够显示反映特征组织类型、发育阶段、环境条件应答、遗传改变的基因谱。当芯片数据大量出现，产生了新的问题：如果将所有获得的数据集中起来，我们能否将未知功能的新基因归类到已知功能分类中？能否将基因表达与基因功能联系起来？能否发现新类型的共调控基因？能否从芯片表达数据中得出完整的基因调控网络？这些唯有通过计算的方法。基因制图及测序所面临的问题与大规模基因表达分析的数学问题相比要小的多。这种新类型的表达数据使我们直接面对生物系统和基因组水平功能的复杂性，从生物系统单个成分的定性发展到完整生物系统行为的描述上来，这方面困难很多，目前只有很少的分析工具。

聚类分析（clustering analysis）是大规模基因表达谱目前最广泛使用的统计技术，最近又发展了一种机器学习方法-支持向量机（support vector machines,SVMs）。这些分析方法均处在研究的初级阶段，随着大量数据及标准化数据库的出现，其它数据挖掘技术包括神经网络和遗传算法将在基因表达数据分析中得到应用。


聚类分析

聚类通过把目标数据放入少数相对同源的组或“类”（cluster）里。分析表达数据，（1）通过一系列的检测将待测的一组基因的变异标准化，然后成对比较线性协方差。（2）通过把用最紧密关联的谱来放基因进行样本聚类，例如用简单的层级聚类（hierarchical clustering）方法。这种聚类亦可扩展到每个实验样本，利用一组基因总的线性相关进行聚类。（3）多维等级分析（multidimensional scaling analysis,MDS）是一种在二维Euclidean “距离”中显示实验样本相关的大约程度。（4）K-means方法聚类，通过重复再分配类成员来使“类”内分散度最小化的方法。

聚类方法有两个显著的局限： ...]]> 技术交流 blueman 2007/09/16 08:41pm http://forum.co-fly.net/cgi-bin/topic.cgi?forum=2&topic=3&show=0 http://forum.co-fly.net/cgi-bin/post.cgi?action=reply&forum=2&topic=3 技术交流